《仙剑奇侠传二》的故事发生在《仙剑奇侠传一》八年之后，当初与李逍遥住在同一个村子的邻居——王小虎，已经是一位十八岁的成熟青年。

想当年王小虎年纪虽小，却很有孝心，不怕风浪独自上仙灵岛为父求药的事迹一直让大家们津津乐道，个性坚毅刚强，做事执着且有决心，从小视李逍遥为偶像，虽然李逍遥后来未收小虎为徒，但王小虎心中笃定要成为如李逍遥一样的大侠；名满江湖、除魔卫道，是永远不变的目标。

此时的神州大地，因为八年前锁妖塔崩毁，万千妖魔尽出，天下大乱，幸有一位得道高僧——千叶禅师的出现，广纳门徒成立大慈悲明宗，四处传道布施、救灾救人，与蜀山仙剑派掌门人李逍遥同为正道的两大领袖。另一方面，魔族掌旗使孔璘，也趁机扩展势力，进行一项可怕的阴谋，意图染指人间。

王小虎与沈欺霜、苏媚、李忆如便是在这样的一个时空背景，交织出一段充满亲情、友情、爱情的传奇故事。

李逍遥的邻居王小虎的故事，讲述小虎带着逍遥的女儿忆如与苏眉（仙一中被逍遥和月如在隐龙窟杀死的蛇精和狐狸精的女儿，当时逍遥不是被一只小狐狸咬了吗，就是苏眉）和沈欺霜除魔卫道的故事
仙2的主题是宽恕，苏眉因为与小虎忆如的长久友谊而放弃了为父母报仇而去杀逍遥和月如的念头
故事的最后，月如的身体康复，一家人在仙灵岛快乐的生活；苏眉因为救小虎他们而牺牲，但是小虎与沈欺霜并没有认为苏眉死了而携手去找她，在他们上路寻找苏眉的时候，有一只小狐狸在后面默默的看着他们。