命令与征服3：凯恩之怒的剧情设定在未来，讲述了全球能源危机引发了一场世界大战，而这场战争的幕后黑手正是凯恩，一个具有超自然力量的独裁者。凯恩统治了全球，并建立了名为兄弟会的组织，他的目标是统一世界并主导人类的命运。
玩家扮演GDI(全球防御倡议)，一个组织致力于对抗凯恩和兄弟会的剩余力量。GDI致力于保护全球，并对抵抗组织提供援助。剧情主要围绕玩家在全球各地进行任务，击败凯恩的手下，并最终与凯恩本人对抗展开。
在剧情中，玩家将与一系列不同的角色互动，包括GDI的指挥官和其他重要角色。玩家需要通过策略和战术来建立自己的基地、招募士兵和战斗单位，并利用资源来发展科技和武器。玩家需要完成一系列任务来推动剧情的发展，并最终解决全球危机。
剧情中的揭示和决策将对故事的进展和结局产生影响。玩家需要在战场上展现出智慧和勇气，以抵抗凯恩的进攻并最终制止他的邪恶计划。整个剧情设定在一个未来科幻世界中，充满了战争、背叛和复仇的故事情节。

《命令与征服3：凯恩之怒》是一款实时策略游戏，故事发生在未来。剧情中，全球资源短缺导致爆发战争，同时凯恩教主再度崛起，并组建了一个名为尤里兄弟会的邪恶组织。

玩家将分别扮演GDI和NOD两个阵营，经历一系列挑战和战役，最终迎战凯恩教主。剧情充满紧张刺激的战斗和复杂的政治阴谋，玩家需善用资源与技术，掌握宏观策略和微观战术，以击败敌人并取得最终胜利。