故事发生在事变日14年后的Sera行星，一名联盟士兵马可斯的身上。在监狱服刑十四年后被他的朋友多姆拯救出来，并且加入了D小队。马可斯带领D小队顺利穿过Sera行星的废墟城市，最后乘车来到了一个采矿工厂，并且经由工厂到达了地底深处的矿坑。

D小队成功的引爆了共鸣器，他们在马可斯父亲的密实验室中的电脑中，发现了一张接近完整的地图，D小队于是利用这份地图作为发射光子导弹时所用的数据。马可斯和多姆最后杀死了占据光子列车的兽族兰姆将军，成功的引发了光子导弹，摧毁了兽族的通道网络。

二代的剧情衔接着一代的最后，D小队成功的将光子炸弹投进了兽族的主要据点，维安政府以为这样便可以成功的消灭掉兽族，没想到兽族大难不死的逃过了一劫，并且再次集结了更庞大的武力攻向维安政府的首都贾辛图，维安政府的军队节节败退。

马可斯跟多姆被指派去引导制造中的光子炸弹的引爆点，急中生智的马可斯利用黎明之锤将同等于一枚光子炸弹的萤光巨龙兽给烧毁，一阵巨大的爆炸摧毁了贾辛图，以及在这之下的兽人基地，二代的剧情到此结束。

游戏的开始就是马库斯在昏迷中醒来，人类最后的基地正在遭受着敌人的疯狂进攻原来，正当马库斯与兽族作战的同时，前COG政府领袖Prescott乘坐直升机而来，他带来了马库斯父亲关于拯救Sera星球的临终录音留言。但是这个方法必须有出色斗士的配合才行，于是马库斯当仁不让地再次与队友们承担起了新的使命。